بحسب دليل معهد الأبحاث التطبيقية- أريج فإن سبب تسمية قلقيلية بهذا الاسم يرجع لروايتين:

الرواية الأولى: أن الاسم نسبةً إلى القيلولة للمسافرين والمارين ويؤكد قولهم ذلك وجود عين ماء وأشجار، وأن قلقيلية تقع على طريق القوافل التجارية المتجهة من بلاد الشام إلى مصر.

الرواية الثانية: أن الاسم يعود إلى الجلجلات في العهد الكنعاني، وكلمة "جلجال" تعني الحجارة المستديرة، وبعد ذلك حُرِّف حرف الجيم إلى حرف القاف فأصبح الاسم قلقاليا، حيث يؤكد المؤرخون أن اسم قلقيلية يعود إلى القلعة اليونانية القديمة والتي أطلق عليها اسم قلقاليا.