أسسها الفراعنة في عهد النبي يوسف (صلى الله عليه وسلم)، مخزنًا للقمح والحنطة في المنطقة، أيام قحط السنين السبع. وأعاد ترميمها الملك داود وأتمها الملك سليمان. بعد وفاة الملك سليمان أهملت قلنسوة وخضعت لمملكة الشمال. وجرى تدمير قلنسوة عام 590 ق.م على أيدي البابليين. ثم رممها الإسكندر المقدوني 332 ق.م وأصبحت تابعة للإمبراطورية اليونانية، وسمي واديها وادي الإسكندر. ثم خربها الآشوريون.
 وبقيت شبه مخربة، يقطنها بعض الناس حتى حلول عام 200. في سنة 200، رممها الرومان، واتخذوها حصنا لهم، كونها واقعة على درب السلاطين. وفي عام 638، فتح المسلمون قلنسوة بقيادة عمرو بن العاص في خلافة أبي بكر الصديق (رضي الله عنهما)، واستولى عليها الصليبيون في سنة 1099. في سنة 1187، فتحها صلاح الدين الأيوبي من جديد، ويقال إنه أوقع خوذته داخل أسوارها فصرخ «قلنسوتي»، فسميت البلد قلنسوة، وكانت من قبل تعرف بالبرج أو قلعة الصالح. ضرب زلزال كبير قلنسوة في عام 1837، وأدى إلى تدمير جزء كبير منها. في سنة 1915، احتلتها بريطانيا من العثمانيين حتى عام 1948.